Ante la inminencia de la Asamblea del año XIII había dos bandos: aquellos que opinaban que en la misma debía declararse la independencia de las Provincias Unidas del Río de la Plata y aquellos que eran partidarios de postergar tal decisión para no irritar a Inglaterra, que privilegiaba su alianza con España.
En la logia Lautaro también existían estas dos facciones. A ella pertenecía la gran mayoría de los asambleístas elegidos por lo que la posición que se resolviera en su interior sería la que primaría en dicha convocatoria.
Ya senil, 'el general Zapiola transgrede el secreto masónico y confiesa a Mitre que entonces hubo una profunda divergencia entre San Martín y Alvear, imponiéndose este último y obligando al primero a dejar de ser Venerable y a alejarse de la participación activa en la logia, abandonando los roces políticos y dedicándose exclusiva e intensamente a las tareas militares.
Alvear lideraba, con el apoyo de los viejos masones, la posición antiindependentista, con la que se habrían solidarizado Posadas, Vieytes, Monteagudo, Azcuénaga, Rodríguez Peña, Valentín Gómez, Larrea, Agrelo y otros.
A su vez los que se inclinaron por la declaración de la Independencia , de acuerdo con San Martín, fueron Zapiola, Manuel Moreno, Donado y pocos más.
Cabe señalar que la derrota de San Martín en el seno de la logia no determinó su renuncia a la misma por cuanto el juramento masónico es irrenunciable sino que, como se dice en las entidades secretas, se "durmió".
Según no pocos y significativos historiadores, fue "despertado» cruelmente cuando se le exigió obediencia masónica para retirarse de los campos de batalla americanos y ceder todo el espacio y la gloria sucesiva a Simón Bolívar.
Una de las consecuencias del misterioso encuentro de Guayaquil fue la separación del Alto Perú, luego Bolivia, de las Provincias Unidas, luego Argentina.
Mario Pacho O’Donnel. Fragmento del Libro El Grito Sagrado